現代社會人們對飲食的越關注，就越加重視普通食品飲料質量和增加新鮮食品消費。同時，另一個巨大變化是盡量避免使用添加劑和防腐劑。 
    進行了某種處理而改變了其微生物正常補充的食品特別容易受環境微生物侵蝕。例如，酸牛奶、乳酪和其他奶制品，果汁、加味牛奶和主菜。蘑菇的生長有時也在潔凈室里進行以防止條件性病原孢子生長過度。
    果汁
    無菌產品已經占領了單包裝（250毫升 ）果汁和飲料市場。這個市場正擴展到其它的產品生產線，包括牛奶飲料、酒、水以及西紅柿產品和一公升大包裝。
    奶制品
    瑞士的酸牛奶、無菌牛奶或奶酪的加工，以及瑞典的臘腸包裝中經常用到無菌處理。 
    一些大型設施要求100,000級（ISO8和9級）以上。在美國，Jerome乳酪公司在愛達荷州杰羅姆建造了一個3,600萬美元，面積140,000 平方英尺的乳酪和乳清產品廠。該廠有4個主要加熱和通風系統可輸送高達每分鐘130,000立方英尺的過濾效率為95％的空氣，每小時換氣15到20次。車間采用正壓，空氣從加工區向外流。
    公共和商業廚房
    在需要準備許多食物的地方利用潔凈室技術是有好處的。在法國Amiens，Sulzer公司為中心廚房設計了潔凈室，那里每天要給在校學生、老年人及城市雇員準備12,000頓飯。Sulzer裝備了ISO 5級（100級）潔凈室，以及必要的加熱和冷藏設施。
    釀酒廠
    釀酒廠發現，為了保護其生啤酒，在填充操作中必須控制環境污染。采用潔凈室進行封閉式填裝作業，天花板上安裝HEPA過濾器，地板帶孔已經成為發展趨勢。 
    南美哥倫比亞污染控制公司是一家為食品、醫藥和工業區建造清潔環境的專業公司。該公司在設計中為啤酒、果汁和汽水無菌填裝工藝增加了ISO 5級（100級）和ISO 6級（1,000級）潔凈室。 
    傳統系統中隧道式巴氏消毒法對產品進行各種高溫處理，得到的產品在物理特性上發生變化。相比之下，對受控巴氏消毒法的無菌充裝采用較低熱處理，可在幾方面改進產品的質量。 
    在啤酒方面，可改進感官特性，例如香氣味風格和新鮮度。還可提高多數產品的穩定性，延長儲存期。而用于果汁，則避免了象管道巴式消毒法那樣受到長時間高溫處理，因而沒有造成營養損失。結果，香味、口味及顏色等感官性能都得到改善。
    肉類加工
    美國聯邦農業部一項研究表明，美國的即食肉制品差不多有5％都感染了單核細胞增多性李氏菌（Listeria monocytogenes），一種可以使人致命的食物傳染病菌，可導致敗血癥、腦膜炎或腦膜腦炎（meningo-encephalitis）——一種影響大腦和脊髓組織的疾病。對于孕婦來說，李氏菌屬可引起胚胎夭折和死產。 即食肉制品市場的擴大是增加對潔凈室技術需求的一個因素。瑞典是這一領域的先行者。
    面包房
    面包房現在正逐漸接受潔凈室技術。日本有許多這種例子。受神戶市的Nada Ward合作機構委托，Chiyoda建筑公司設計了一座通用食品廠。這一工廠有3000m2的建筑面積，是神戶市Rokko島上一個8層高的建筑，它使用了清潔技術。這個工廠生產幾種面包、糖果、大豆豆腐、面條和幾種傳統的日本食品。 
    糖果工業采用了生物潔凈室技術。新的、越來越復雜的、包裝新穎的糖果產品增加了對受控環境的需求（溫度、濕度、細菌的水平，等等），以及生產過程的自動化，以便保證良好品質和耐久性。
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